很简单呀，自驾游的话比较合适，如果坐大巴车那可能时间无法把握。朱家尖也就四个点：南沙（游泳看沙雕），乌石塘，大青山，白山。第二天的普陀山：普济寺，法雨寺，佛顶山的慧济寺，南海观音紫竹林四大主要景区就可以了。若想岛上住一岛可以考虑我们潮音阁。
2天的时间估计没有办法完成你的目的。按照你的要求大致设计一下你的行程（时间太紧，你没有机会坐公交车，只能打车）：
早上早点出发，到舟山沈家门后，直接打车到半升洞码头，然后坐快艇到普陀山，基本上普陀山玩下来也到下午3-4点了，然后坐船回沈家门，然后直接去朱家尖，住在朱家尖的农家乐里面，下午和晚上都可以在朱家尖玩，东沙不要门票，所以可以去看看，当然要门票的南沙也可以。第二天打车到沈家门墩头码头，坐船（票价15元）到桃花岛，建议玩安期峰景区和桃花寨景区，沙滩可以不去了，射雕城也没有什么意义。下午4点到茅草屋码头坐船回沈家门。桃花岛上景点之间公交很多，而且路上招手即停，不需要打车。
不知道你玩几天，就两天的话，时间短了点。如果去朱家尖，一般你可以选择，第一天到了先去十里金沙（也就是南沙），海滩泳场附近就有吃住等，停车也方便。时间充裕还可以选择住到乌石塘等渔家乐~熟悉的话去东沙也是可以玩开心的。
第二天可以选择继续在朱家尖、乌石塘等游玩，也可以选择去朱家尖蜈蚣寺码头坐快艇去普陀山游玩~码头就在朱家尖跨海大桥没到的地方，有明显的指示的，可以停车。然后进山门去朝拜灵山大庙，游览西天景区、紫竹林景区。之后注意末班船的时间，返回朱家尖码头开车回家~呵呵~
另外普济寺和法雨寺都有斋饭供应，费用不高，全素斋饭乐趣还蛮好的，不过用餐时间自己要把握好。
如果有第三天，那就早起可以去朝拜佛顶山，游览潮音洞，午饭后还可以在普陀山短姑码头坐船去珞珈山~
当然第二天晚上住下的话，选择也比较多。第一、当晚可以住普济寺附近的个人旅社或者住度假酒店，酒店费用就比较高啦；第二、可以在进山门登记一下，快艇去沈家门，晚上住滨港路附近，流连在海鲜排档间，也是很有意思的。比朱家尖的渔家乐要有气氛的多，不过也比较类似；第三可以在普陀山紫竹林附近龙湾村也有渔家乐，居民旅社，也可以尝试哦~~
其实心里很亮堂，就是描述的比较简单，细节也省略了不少，不过真正的游玩还是在你自己本身，大致的方式方向有交代了，其余的还是要靠你自己发掘。。。。
重点是，去普陀山一般都是朝拜观音圣地，到朱家尖、桃花岛也就是游海岛沙滩，玩海浪追逐、品尝海鲜和感受渔家乐等。就看你自己是想怎么玩咯~~~呵呵~
不过个人还是提个建议：
第一天中午左右能到朱家尖蜈蚣峙码头，快艇到普陀山，游普济寺、徒步西天景区、下山后转公交到紫竹林游玩，晚上住普济寺附近旅社（早点去开房，蛮紧张的哦~）用餐就在普济寺；第二天在普济寺早餐，之后徒步登佛顶山，索道下来去潮音洞，然后到法雨寺午餐。再搭公交去短姑码头去珞珈山，返回后就可以直接去朱家尖南沙泳场游玩，晚餐后可以开夜车回家，或者住下第二天早上返回。
这是比较节省费用，也比较充分利用路线和时间的。不过游玩各景点时可能要照顾一下时间。
你说的是普陀山？还是普陀区整个？
普陀山的话，开车到朱家尖蜈蚣峙码头，停好车，坐船去普陀山，买进山门票，一百多一张，然后坐公交（普陀山全程公交）去紫竹林，走一段路（十五分钟）去南海观音，再原路返回，坐公交去梵音洞，看看，再坐车去索道，买单程缆车上佛顶山，去过慧济寺，走山道（大致20分钟，风景不错）下来去法雨寺，玩好，可以出山门，去就近的沙滩玩玩、看看，再坐公交去普济寺，最后一个大寺，最后坐公交去码头，坐船回朱家尖，取车回家。
如果体力不好，首先可以把梵音洞去了，去得人很少，而且比较远，完全可以忽略，普陀山主要是佛顶山、法雨寺、普济寺三大寺，如果再不好，就买双程缆车，不用走山路了，坐车去法雨寺，或者直接略过。沙滩可以不买票，从旁边的小道进去，不过票价好像也不贵。码头-紫竹林-佛顶山-法雨寺-普济寺-码头，这是主要路线，全程下来还是蛮累的。或者码头-佛顶山-法雨寺-普济寺-紫竹林-码头。预计全程不歇6~7小时，午饭可以自带干粮，毕竟山上消费较高。你可以下午回朱家尖后，驱车去沈家门老城区新街东河路找家叫“高佳庄”的饭店（千万不要去东港店），不会宰客，蛮好吃的，价格小贵一点点，吃好晚饭回家。
